Se você precisa recomeçar o seu estoque, você pode zerá-lo.
Para isso, vá em Estoque > Inventário de Estoque, faça a contagem de cada um dos seus locais zerando a quantidade de todos seus itens.
Preencha a coluna Nova quantidade com o valor 0 (zero) e clique em Finalizar Contagem. Repita a operação em todos seus locais de estoque.
Pronto, agora seu saldo de estoque foi zerado e você pode alimentá-lo novamente em Estoque > Entrada de Estoque.